Transport morski
Obszar portowy Kaliningradu dzieli się na trzy części:
- Port Morski
- Port Rybacki
- Terminal Naftowy
Komunikacja kolejowa
W Kaliningradzie swoją siedzibę ma dyrekcja okręgowa kolei SZD (Калининградская железная дорога KЖД), eksploatująca sieć linii o łącznej długości 963 km i zatrudniająca 6774 pracowników (2005). Funkcjonują bezpośrednie połączenia kolejowe Kaliningradu z: Berlinem i Gdynią, Adlerem, Brześciem nad Bugiem, Charkowem, Czelabińskiem, Homlem, Kijowem, Moskwą, Murmańskiem, Odessą, Symferopolem, Sankt Petersburgiem, większość przez Wilno i Mińsk.
W mieście znajduje się stacja kolejowa Kaliningrad Północny.
Komunikacja lotnicza
Nieopodal (24 km na północ) znajduje się zbudowane w 1921 lotnisko wojskowe Chrabrowo (ros. Храброво, niem. Powunden, ang. Khrabrovo), spełniające od lat sześćdziesiątych również funkcję cywilnego a od kilkunastu lat międzynarodowego portu lotniczego. Kod portu: KGD.
Obecnie lądują na nim samoloty następujących towarzystw lotniczych:
- KD Avia (Berlin-Tegel, Kijów-Borispol, Moskwa-Domodedowo, Moskwa-Szeremietiewo, Soczi, Sankt Petersburg-Pułkowo); linie lotnicze z siedzibą w Kaliningradzie
- Aerofłot (Moskwa-Szeremietiewo)
- airBaltic (Kopenhaga, Ryga)
- Belavia (Mińsk)
- Perm Airlines (Erywań)
- Polskie Linie Lotnicze LOT (Warszawa)
- Pulkovo Aviation (Sankt Petersburg-Pułkowo)
- UT Air (Moskwa-Wnukowo)
Uwaga: Do portu lotniczego z centrum Kaliningradu kursuje autobus nr 138, firmy Koenig-Auto (КёнигАвто). Terminal Międzynarodowy położony jest 3 km od Terminalu Krajowego.
W 1919 w Królewcu uruchomiono pierwszy w Niemczech cywilny port lotniczy Devau. W 1921 otwarto połączenie lotnicze Berlin-Gdańsk-Królewiec-Kłajpeda-Ryga, w 1923 przedłużono je do Tallinna, a w 1924 do Helsinek; inny przewoźnik w 1922 rozpoczął loty na trasie Królewiec-Ryga-Moskwa. 27 stycznia 1945 z tego miejsca odleciał z Królewca ostatni niemiecki samolot JU-52 z 40 pasażerami na pokładzie. Obecnie lotnisko, nazwa oficjalna: Małe Isakowo (Малое Исаково), popularna: Devau (Девау), jest siedzibą miejscowego Aeroklubu.